الأطفال الأسرى في سجون الاحتلال يتعرضون لتجاوزات خطيرة أثناء التحقيق معهم من قبل ضباط الشاباك الصهاينة، فقد كشفت جمعية لحقوق الإنسان في تقرير لها، انتهاكات حقوق الأطفال في الأراضي الفلسطينية وشرقي القدس، خلال عمليات التحقيق التي يخضعون لها.
وجاء في التقرير: "أن هؤلاء الأطفال يحرمون من النوم قبل بدء التحقيق معهم ولا يسمح لهم بمقابلة محام، بالإضافة إلى عدم توفر محقق خاص لشؤون الأطفال، وعدم إجراء التحقيقات مع القاصرين الفلسطينيين باللغة العربية".
ويقبع في سجون الاحتلال قرابة 300  طفل وقاصر، وتتم محاكمتهم في محاكم عسكرية، وتصدر بحقهم أحكام بالسجن الفعلي لفترات طويلة.